VirusCircBase | 病毒circRNA数据库

4月29日，Briefings in Bioinformatics在线发表了一个全新的circRNA数据库平台，VirusCircBase，这是首个病毒circRNA的数据库资源（[1]）。文章的通讯作者是湖南大学彭友松教授。

VirusCircBase数据库首页

VirusCircBase数据库收录了病毒来源的11924种circRNA，涵盖了四大类23种病毒。数据库提供了数据统计，信息浏览，信息检索，miRNA互作分析结果等检索工具，还提供了免费数据下载。

VirusCircBase网址：

http://www.computationalbiology.cn/ViruscircBase/home.html

图1 VirusCircBase数据库首页

数据库概况

VirusCircBase数据库的数据主要通过在线数据重分析获得，主要是GEO和SRA的数据，共整合分析了54个dataset的数据。利用三种常用的circRNA分析工具：CIRI2，find_circ，circRNA_finder。

图2 VirusCircBase数据库数据分析流程（[1]）

三种工具共分析出病毒来源的circRNA 11924种，其中626种是三种工具均可分析到的。从病毒物种来看，双链DNA（dsDNA）病毒来源的circRNA占了约70%，其中人丙型疱疹病毒8 (HHV8)分析到4177种circRNA，人乙型疱疹病毒5 (HHV5)分析到2554种，人γ疱疹病毒4  (EBV)分析到1002种。

单链RNA（ssRNA）病毒分析到了2151种circRNA，其中信德比斯病毒（Sindbis virus）分析到了1771种circRNA，其他如小鼠诺如病毒（193种），寨卡病毒（91种），甲型流感病毒（48种），埃博拉病毒（44种）。

逆转录病毒也有circRNA发现，如HIV1就分析到了227种circRNA分子。

图3  VirusCircBase数据库数据总体情况（[1]）

病毒circRNA的基本特征

病毒来源circRNA长度总体在200~1000bp范围内，绝大部分的病毒circRNA来自dsDNA病毒和ssRNA病毒，两类病毒来源circRNA的平均长度分别是462 bp和439 bp。线性和环状基因组的病毒来源circRNA数目没有明显的差别。病毒circRNA的反向拼接位点在病毒基因组中的分布没有太明显的倾向性，大部分都是随机分布在病毒基因组的各个位置，但HHV8，HAdV2和MHV68中circRNA的反向拼接位点集中在个别位点。

为分析病毒circRNA可能的生成机制，作者挑选了丰度较高的1592种circRNA进行分析，绝大部分的circRNA的侧翼序列带有重复序列或反向互补序列。

保守性方面，绝大部分病毒circRNA都是物种特异性的序列，极少数circRNA在同种类的病毒中重复出现。

作者还预测分析了病毒circRNA与miRNA的互作情况，互作miRNA对应的通路进行了分析，相应的信息可以从VirusCircBase数据库检索。

图4 病毒circRNA互作miRNA预测分析 （[1]）

参考文献

1. Cai, Z., et al., VirusCircBase: a database of virus circular RNAs. Brief Bioinform, 2020.

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